Tiền thân của tổ chức này là Việt Nam Công giáo Cứu quốc Hội, một tổ chức tập hợp tín đồ Công giáo chống thực dân và đế quốc, là thành viên của Mặt trận Việt Minh. Nghị quyết của Hội nghị Trung ương Đảng Cộng sản Đông Dương ngày 14, 15 tháng 8 năm 1945, trong mục nói về vận động tôn giáo thể thao ghi rõ: Mở rộng Việt-nam công giáo cứu quốc hội. Cố cảm hoá quần chúng các hội Phật Thầy và Cao đài.[1] Khi Cách mạng tháng 8 nổ ra, nhiều tín đồ Công giáo Cứu quốc tham gia giành chính quyền cũng tham gia vào thành phần của chính quyền mới.

Tuy nhiên, sự hợp tác nhanh chóng thay đổi, đặc biệt từ sau sắc chỉ của Giáo hoàng Piô XII năm 1949, cấm người tín đồ Công giáo cộng tác với người theo chủ nghĩa cộng sản, phạt vạ tuyệt thông bất cứ người Công giáo nào gia nhập đảng Cộng sản. Các thành viên Công giáo Cứu quốc bị phân hóa thành 2 nhóm. Một nhóm chịu ảnh hưởng của Giám mục Tađêô Lê Hữu Từ hoạt động tách rời khỏi sự kiểm soát của chính quyền Việt Minh, có xu hướng vũ trang cho giáo dân, tổ chức thành những đội vũ trang Tự vệ Công giáo, biến các giáo khu thành những chính quyền tự trị, ngoài sự kiểm soát của chính quyền Việt Minh; thậm chí để đổi lấy quyền tự trị, chấp nhận thỏa hiệp với người Pháp để chống chính quyền Việt Minh, thậm chí nhận cả súng đạn của người Pháp để trang bị cho lực lượng Tự vệ Công giáo, cùng quân Pháp thực hiện các cuộc càn quét tiêu diệt quân Việt Minh.

Nhóm còn lại, vẫn đi theo Việt Minh, tham gia phong trào đấu tranh giành độc lập dân tộc. Vì vậy nhóm này không đứng trên danh nghĩa của Hội Công giáo Cứu quốc nữa mà hình thành một tổ chức riêng với tên gọi Ủy ban Liên lạc những người Công giáo Việt Nam yêu Tổ quốc, Yêu hòa bình, gọi tắt là Ủy ban Liên lạc Công giáo toàn quốc. Nhóm này vận động các giáo dân tham gia phong trào kháng chiến chống Pháp của Việt Minh cho đến khi chính quyền Việt Minh giành được thắng lợi và kiểm soát hoàn toàn miền Bắc.

Từ ngày 8 tháng 3 đến ngày 11 tháng 3 năm 1955, Đại hội đại biểu những người Công giáo yêu nước được tổ chức tại Hà Nội. Trong Đại hội này, linh mục Vũ Xuân Kỷ - người sáng lập Ủy ban - được tôn làm Chủ tịch Ủy ban Liên lạc Công giáo. Hoạt động của Ủy ban được mở rộng hơn trong thời gian Chiến tranh Việt Nam.

Tại miền Nam, tháng 4 năm 1961, một tổ chức tương tự Ủy ban Liên lạc Công giáo toàn quốc được thành lập với tên gọi Hội Những người Công giáo kính Chúa yêu nước và sau đó gia nhập Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam. Tổ chức này tập hợp các giáo dân và chức sắc Công giáo ủng hộ Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, chống lại chính quyền Việt Nam Cộng hòa.

Sau khi Việt Nam thống nhất, từ ngày 8 tháng 11 đến ngày 10 tháng 11 năm 1983, một đại hội đại biểu thống nhất của Ủy ban Liên lạc Công giáo toàn quốc tại miền Bắc và Hội Những người Công giáo kính Chúa yêu nước tại miền Nam được tổ chức tại Hà Nội, thành lập Ủy ban Đoàn kết Công giáo Yêu nước Việt Nam. Việc thành lập Uỷ ban này được xác nhận là theo tư tưởng đoàn kết dân tộc, tôn giáo của Chủ tịch Hồ Chí Minh và chủ trương từ Đảng Cộng sản Việt Nam và phù hợp với yêu cầu và nguyện vọng từ người Công giáo Việt Nam, theo lời giáo sư Lê Bá Trình, Uỷ viên Đoàn chủ tịch Uỷ ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.[2]

Bảy năm sau, một đại hội đại biểu được tổ chức từ ngày 10 tháng 10 đến ngày 12 tháng 10 năm 1990, đã đổi tên Ủy ban thành Ủy ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam.